1865. Zelda, Gavroche, l'archéologue Désiré et l'officier Spillett passent un pacte avec un bandit mexicain pour faire la lumière sur le mystérieux « ordre de l'Obsidienne », une confrérie secrète créée durant l'antiquité pour garder les grandes portes de téléportation. C'est compter sans l'agent Cooper, un redoutable tueur et membre de l'ordre qui est bientôt lancé sur leurs traces.
1865. Zelda et Gavroche sont recrutés par la résistance nord-américaine créée par celui qui vient de perdre la guerre mais s'apprête à reprendre la lutte : Abraham Lincoln.
En effet, les Etats du Sud sont soupçonnés d'avoir passé un pacte avec «ceux des profondeurs», une intelligence venue des entrailles de la Terre. L'enquête démarre sur cette alliance hors-normes et lourde de menaces.
Gavroche était prêt à quitter Hauteville House pour rejoindre Zelda en Amérique. Mais c'était sans compter la disparition de l'agent qui le remplace. Accompagné de son ancien partenaire, l'officier part à sa recherche sur le site de La Hague. Les deux hommes découvrent alors que la centrale à charbon installée par Napoléon sert à produire une nouvelle arme que ce dernier compte utiliser pour bombarder Londres...
Alors qu'ils sont tirés de quarantaine en raison à l'approche d'une tempête, Gavroche et ses compagnons se réfugient dans la maison de Victor Hugo. Mais les bonapartistes menacent.
A la recherche de la pierre philosophale, l'agent Gavroche et le capitaine bonapartiste Dantès dérobent le coffre renfermant les chandeliers et la carte menant au tombeau de l'abbé Frollo, tandis que la menace du fantôme de Paris se fait de plus en plus précise.