Lyra a été enlevée par sa redoutable mère, Mme Coulter. Will doit rejoindre lord Asriel, qui vit retranché au sommet d'une montagne, dans sa citadelle imprenable, car une mission capitale l'attend. Ils tentent de se rejoindre afin sauver tous les mondes parallèles, plus que jamais menacés par les forces obscures qui tentent d'imposer leur terrible loi.
La jeune Lyra est le personnage central de cette saga. Depuis quelque temps, une invisible menace semble planer sur le monde connu, une mystérieuse poussière qui tourbillonne dans le ciel. Existe-t-il un lien entre la poussière et les nombreuses disparitions d'enfants, que leurs ravisseurs, les Enfourneurs, semblent conduire vers le Nord, et d'où semble venir le fléau.
L'intrépide Lyra est décidée à rejoindre le monde de l'Aurore. A Cittàgazze, la ville d'au-delà de l'Aurore, elle rencontre Will, un jeune garçon en fuite qui croit avoir tué un homme. Lui aussi a un but : découvrir la vérité au sujet de la disparition de son père.
À l'auberge de la Truite, tenue par ses parents, Malcolm, onze ans, voit passer de nombreux visiteurs. Tous apportent leurs aventures et leur mystère dans ce lieu chaleureux. Certains sont étrangement intéressés par le bébé nommé Lyra et son dæmon Pantalaimon, gardés par les nonnes du prieuré tout proche. Qui est cette enfant ? Pourquoi est-elle ici ? Quels secrets, quelles menaces entourent son existence ? Pour la sauver, Malcolm et Alice, sa compagne d'équipée, doivent s'enfuir avec elle. Dans une nature déchaînée, le fragile trio embarque à bord de La Belle Sauvage, le bien le plus précieux de Malcolm. Tandis que despotisme totalitaire et liberté de penser s'affrontent autour de la Poussière, une particule mystérieuse, deux jeunes héros malgré eux, liés par leur amour indéfectible pour la petite Lyra, vivent une aventure qui les changera pour toujours.
Toujours à la recherche de son père, Lyra poursuit sa route vers le palais de Svalbard, lorsqu'elle est capturée par des ours en armure et livrée au roi Iofur. Pour sauver sa peau et permettre à Iorek de regagner son trône, elle devra faire preuve d'une audace sans précédent... Parviendra-t-elle à s'échapper et à retrouver Lord Asriel à temps? Et pourra-t-elle faire confiance à ce père aussi distant que redoutable? Dans sa quête de la vérité l'attendent des révélations inconcevables et terrifiantes.
Débarquée à la frontière du Grand Nord, flanquée d'une horde de Gitans, Lyra compte bien sauver son ami Roger des Enfourneurs et retrouver son père, Lord Asriel. Un bataillon de fabuleuses sorcières, un pilote d'aéronef et surtout Iorek Byrnison, le terrible ours en armure, font route avec elle. Pourront-ils la protéger des mille dangers qui l'attendent tout au long de sa quête, jusqu'aux confins glacés des Royaumes du Nord ?