Dan et Amy se rendent à Sydney, à la recherche d'une nouvelle clé. Ils profitent de l'occasion pour retrouver "oncle Shep", un cousin de leur père. À peine arrivée chez lui, Amy reçoit un étrange coup de fil de Ian Kabra qui la bouleverse : l'incendie dans lequel sont morts ses parents était volontaire. À ses risques et périls, la jeune fille accepte de le rencontrer en secret...
Après avoir envoyé les Kabra sur une fausse piste, au Kirghizstan, Amy, Dan et Nellie se rendent au Caire, en suivant l'indice " Al Sakhet ". Au beau milieu d'un souk, ils font la connaissance d'un jeune homme, Theo, passionné d'histoire. Ensemble, ils vont suivre les traces d'un Lucian, le général Bonaparte, lors de son expédition en Egypte en 1798...
Dan et Amy reçoivent un mystérieux télégramme signé NRR : "L'heure tourne. Vous avez trente-six heures pour me retrouver, après quoi la chambre sera fermée pour toujours." Déguisés, les deux enfants partent en Russie, à la recherche de cet étrange expéditeur. Sur place, ils décident de suivre la piste des derniers tsars, sauvagement assassinés...
Amy découvre en Autriche un indice caché dans le journal de Nannerl Mozart, la soeur du compositeur, et s'oppose au clan Janus des Cahill, avec la complicité d'Alistair Oh, du clan Ekaterina.
Dans son testament, Grace Cahill, la grand-mère de Dan et Amy, leur lègue l'énigme des 39 clés sous la forme d'un jeu de piste qui les met en concurrence avec d'autres membres de la famille. Un indice les mène sur les traces de Richard Saunders, qui a écrit un almanach sous le pseudonyme de Benjamin Franklin. A la bibliothèque de Philadelphie, un message de Franklin les incite à se rendre à Paris.
Toujours suivis par Teddy, Tom et Léa font la connaissance de deux singes, Kah et Ko, qui les entraînent au plus profond de la jungle indienne. Ils découvrent un tigre blessé, la patte prise dans un piège...
Tom et Léa se retrouvent sur le pont du Titanic au moment où le paquebot heurte un iceberg. Catastrophe ! Les deux enfants vont donner l'alerte. Mais les passagers, persuadés que le célèbre navire ne peut pas couler, ne veulent rien entendre...
Toujours suivis par Teddy, Tom et Léa font la connaissance de deux singes, Kah et Ko, qui les entraînent au plus profond de la jungle indienne. Ils découvrent un tigre blessé, la patte prise dans un piège...